Den Grundstock und den Anfang der Botanischen Gärten in Europa bildeten häufig Arznei­pflanzen­sammlungen, die mit den ersten Universitäten ab 1500 angelegt wurden. Botanische Gärten waren zunächst rein wissen­schaftliche Einrichtung. Seit dem 19. Jh. dienen sie auch dem allgemeinen Bildungs­auftrag der Universitäten.

Der Botanische Garten der HHU entstand beim Bau der Universität als Teil des Freiland­konzeptes im Süden des Campus. Der Landschafts­architekt Franz Joseph Greup griff in seinem Entwurf die verschiedenen Aufgaben eines modernen Botanischen Gartens auf:

Formale Beete sind der Lehre sowie Aus- und Weiterbildung vorbehalten, z.B. Apotheker- und Nutzpflanzengarten. Eine naturnahe Gestaltung erfolgte dort, wo dem Besucher Entspannung geboten wird, wie in der Geographischen Abteilung.

Versuchsflächen für die Forschung wurden außerhalb des öffentlichen Bereiches angelegt. Nachdem es gelang, die gewünschten Pflanzen aus nahezu allen Teilen der Erde zu beschaffen, wurde der Garten schließlich im Jahr 1979 eröffnet.